Desierto espiritual
Hacia la segunda mitad del siglo XVI, el vecino de Baeza, Alonso Sánchez Chacón, entrega un cortijo y unas tierras que tenía en la conocida como dehesa de Martín Malo a los frailes Alonso de Coca y Diego Hernández, ambos discípulos del beato Juan de Ávila, que bajo la dirección espiritual del Padre Nuñez Marcelo crean una comunidad de religiosos, que pronto adquirió fama de santidad por los rigores bajo los que vivían aquellos eremitas. La ciudad de Baeza les da una repartición de tierras de 40 fanegas, reuniendo patrimonio suficiente para, animados por fray Gabriel de la Concepción, fundar en 1573 el Convento de La Peñuela, adoptando la regla de los Carmelitas Descalzos, que coetáneo al de Granada son las primeras fundaciones del Carmelo Descalzo en Andalucía.
Hacia 1578, la comunidad se ve obligada a trasladarse a un espacio más salubre y amplio y se inicia la construcción de un nuevo convento a un tiro de piedra del antiguo oratorio (hoy Ermita de San Juan de la Cruz). Están en obras cuando reciben la visita de fray Juan de la Cruz en octubre de aquel año, que va de paso hacia su nuevo destino como prior del Convento de El Calvario en Beas de Segura. Desde ese momento se establecerá una estrecha y afectiva relación entre La Peñuela y Juan de la Cruz, siendo sus breves estancias un refugio, un remanso de paz y un desierto espiritual. Aquí, en este rincón despoblado de la sierra, casi desconectado de todo, no pudo por menos el Santo que desear quedarse cuando es enviado por sus contrarios y superiores al olvido y al destierro en 1591.
» Mañana me voy a Úbeda a curar de unas calenturillas, que, (como ha más de ocho días que me dan cada día y no se me quitan) paréceme habré menester ayuda de medicina; pero con intento de volverme luego aquí, que, cierto, en esta santa soledad me hallo muy bien.«
SAN JUAN DE LA CRUZ A DOÑA ANA DE PEÑALOSA. LA PEÑUELA, 21 DE SEPTIEMBRE DE 1591
El contacto con la naturaleza es una fuente de inspiración que se refleja en sus obras y escritos, y aquí pudo hacerlo como en ningún otro sitio. Su estela de santidad quedó tan impresa en estas tierras, que cuando en 1767 llegan los colonos alemanes con Pablo de Olavide para fundar las Nuevas Poblaciones de Sierra Morena y Andalucía, a pesar de que se expropia el convento a los carmelitas y sobre él se construye el Palacio del Intendente y se amplía la capilla para la nueva Parroquia de la Inmaculada, los frailes fieles a su devoción por San Juan de la Cruz traspasan el testigo a los nuevos pobladores, que erigen al Poeta y Doctor de la Iglesia como su Santo Patrón y protector, constituyéndose la primera, y hasta hace bien poco, única Hermandad bajo la advocación de San Juan de la Cruz.